Индексный маркер

Индексный маркер * індэксны маркёр * index marker — высокополиморфный маркер генома человека, уровень гетерозиготности которого превышает 70%: обычно это микросателлиты, сайты, определяющие полиморфизм длин рестрикционных фрагментов (см.) и т. п. Наборы, в которых И. м. состоят из 2-3 млн п. н., используют для составления высокоинформативных «индексных» карт хромосом человека. Для хромосом были найдены генетические маркеры, с помощью которых были идентифицированы соответствующие группы сцепления, более точно установлены взаиморасположения локусов. Считается, что 10-20 локусов, расположенных равномерно в каждой хромосоме на расстоянии около 20 сМ друг к другу, достаточно для определения хромосомной принадлежности генов, ответственных за любой тип наследственной изменчивости. 200 И. м. позволяют построить карты сцепления для всех известных генов на основании анализа сегрегации соответствующих признаков в анализируемых семьях. Для определения порядка расположения генов на хромосоме и оценке генетического расстояния между ними достаточно около 400 полиморфных маркеров. Однако применение полиморфных сайтов рестрикции в качестве маркеров имеет ограничение — низкую информативность (число гетерозигот не превышает 50%) вследствие неравномерного распределения сайтов ПДРФ (полиморфизм длины рестрикционных фрагментов) по хромосоме. Гипервариабельные STR-сайты (ди-, три- и тетрануклеотидные повторы) лишены этих недостатков. Молекулярные методы анализа последовательностей ДНК позволяют определить уровень полиморфизма сайтов рестрикции микро- и минисателлитных последовательностей. Использование этих сайтов в качестве И. м. позволило построить карты сцепления для геномов разных видов млекопитающих. (CA)n-(GT)n — наиболее частый класс простых повторов, обнаруженных в геноме. Таких повторов в геноме 1%, и они состоят из фрагментов в 100-500 п. о. Более 90% из них оказываются полиморфными по числу копий в кластере, причем во всех этих локусах присутствует более трех различных вариантов аллелей. В н. вр. интервал между локусами определяют в 2 а в системах генетических маркеров, перекрывающих весь геном, расстояние в среднем ок. 13 Уже разработаны системы мультиплексных ПЦР-праймеров, помеченных, напр., четырьмя типами флуорохромов, что позволяет на электрофореграмме различать аллели по цвету. Используя систему молекулярных маркеров как для анализа сцепления, так и в коллекции клеточных культур, можно быстро привязать любой ген к любой хромосоме, т. е. однозначно определить хромосому, предопределить близлежащий фланкирующий маркер и перейти непосредственно к картированию. В этом случае большое значение имеет молекулярно цитогенетический подход для совмещения карт сцепления и физических карт целых хромосомных фрагментов.